Con el triunfo de la revolución, Guevara fue nombrado jefe de la Milicia y director del Instituto de Reforma Agraria (1959), luego presidente del Banco Nacional y ministro de Economía (1960) y, finalmente, ministro de Industria (1961). Buscando un camino para la independencia real de Cuba, se esforzó por la industrialización del país, ayudado por la Unión Soviética.
Su inquietud de revolucionario profesional, sin embargo, le hizo abandonar Cuba en secreto en 1965 y marchar al Congo, donde luchó en apoyo del movimiento revolucionario en marcha, convencido de que sólo la acción insurreccional armada era eficaz contra el imperialismo. Relevado ya de sus cargos en el Estado cubano, en 1966 el Che lanzó una revolución que esperaba fuera de ámbito continental: valorando la posición estratégica de Bolivia, eligió aquel país como centro de operaciones para instalar una guerrilla que pudiera irradiar su influencia hacia Argentina, Chile, Perú, Brasil y Paraguay.
Guevara y un grupo de cuadros viajaron clandestinamente de Cuba a Bolivia para iniciar una guerra de guerrillas y tumbar al gobierno militar. Guevara y unos 50 guerrilleros se internaron en las montañas. Pocos meses después el ejército boliviano los detectó y empezó una intensa persecución. Para eludirlo, Guevara dividió al grupo en dos, pero jamás pudo reagruparlo. Su diario indica que para fines de agosto los guerrilleros de su grupo estaban fatigados, desmoralizados y que solo quedaban 22; el 31 de agosto el segundo grupo fue aniquilado al cruzar un río.
El 26 de septiembre, el ejército emboscó al resto de los guerrilleros cerca del poblado de La Higuera. Varios guerrilleros cayeron en combate y el Che quedó herido en una pierna. Luego, el 8 de octubre lo capturaron con dos combatientes y los llevaron a la escuela del pueblo.
Al día siguiente, llegó en helicóptero "Félix Ramos" en uniforme de oficial del ejército boliviano y se encargó de los prisioneros. Dos horas después, el Che y los dos combatientes fueron ejecutados.
Las armas y el equipo de los asesinos fueron Made in U.S.A. El oficial boliviano que lo tomó preso estudió en Fort Bragg, Estados Unidos, donde se preparan golpes de estado, asesinatos y campañas de contrainsurgencia. El "Capitán Ramos" era en realidad Félix Rodríguez, un viejo agente de la CIA.
Desde su paso a la inmortalidad el Che es un símbolo de resistencia a lo establecido, al sistema opresor y al imperio.
La figura del Che es una bandera que agrupa todos los deseos de volver a vivir en una Latinoamérica unida y soberana.
