A lo largo de su desaparición, de 77 días, se desencadenaron numerosas irregularidades en el marco de la investigación, en manos de la Gendarmería, la Justicia y el Ministerio de Seguridad Nacional, sumado a un repudiable accionar de medios de comunicación y periodistas afines al oficialismo que se dedicaron a operar con noticias falsas y acusaciones sobre Santiago y su entorno que solo generaron ocultamientos y desviaciones en la investigación de su muerte. Debido a estas marcadas desprolijidades y ante el constante entorpecimiento de cualquier intento de esclarecimiento, se señala al Gobierno de Mauricio Macri como el principal responsable de la desaparición forzada seguida de muerte de Santiago Maldonado.
Santiago había nacido el 25 de julio de 1989 en 25 de Mayo (Buenos Aires) y se desempeñaba como artesano y tatuador. Unos meses antes de su muerte, se había instalado en El Bolsón y se encontraba en la Patagonia para apoyar el reclamo de las comunidades originarias por la propiedad de las tierras. Una vez conocida su desaparición, los Organismos de Derechos Humanos, las agrupaciones sindicales, políticas y sociales, en conjunto con la sociedad, realizaron numerosos y masivos actos en Plaza de Mayo, como también en varios puntos del país, para reclamar la aparición con vida del joven bajo la consigna: "¿DÓNDE ESTÁ SANTIAGO MALDONADO?".
El reclamo por la aparición con vida de Santiago puso en la agenda pública esta desaparición forzada en plena Democracia, que se impuso frente a la fuerte campaña sistemática de desprestigio por parte de los medios de comunicación oficialistas que buscaron instalar de manera inútil diversos mensajes malintencionados contra la familia y las Organizaciones que reclamaban por la aparición con vida, además de falsas informaciones que pretendían desligar de cualquier tipo de responsabilidad a los actores involucrados en la represión, al Estado y a las fuerzas de seguridad.
El Estado intentó referirse a la situación en la que se encontraba Maldonado como "extravío de persona", en lugar de "desaparición forzada de persona", ofreció una recompensa ante ese "extravío" y hubo además funcionarios del Gobierno Nacional que relativizaron el accionar represivo hacia el pueblo mapuche y pusieron a circular diversas versiones sobre supuestos paraderos de Santiago.
La desaparición forzada seguida de muerte de Santiago Maldonado a raíz de una represión ilegal constituyó una clara violación a los Derechos Humanos desde el Estado.
En el mes de noviembre de 2018, el juez Gustavo Lleral cerró de manera definitiva la causa por la desaparición forzada de Santiago Maldonado. En su fallo, subraya que Maldonado murió por ahogamiento y que estaba solo cuando se sumergió en las aguas del río Chubut, en Cushamen.
En la actualidad, la causa, formalmente, tramita ante el Juzgado Federal de Esquel, a cargo de Gustavo Lleral. Cuando se reabrió la investigación, la familia Maldonado recusó a Lleral y el magistrado aceptó la recusación, pero la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia revocó la decisión y lo ratificó como juez de la causa. Ante el recurso de la querella, la Cámara de Casación confirmó esta decisión, que todavía puede recurrirse ante la Corte Suprema. Esta situación dificultó el avance en el expediente principal. Paralelamente, la familia de Santiago presentó un Recurso de Queja ante la Corte Suprema, en el que solicita la nulidad de las intervenciones telefónicas que se dispusieron sobre los teléfonos de Sergio Maldonado y de tres testigos.
Desde el SUTEBA, junto a los Organismos de DDHH y su familia, seguimos exigiendo:
VERDAD Y JUSTICIA POR SANTIAGO MALDONADO.